वैदिक काळ -
गणपतीचा प्रथम उल्लेख प्राचीनतम हिंदू धर्मग्रंथ असलेल्या ऋग्वेदात मिळतो. दोन ऋक मंत्र (गणानाम गणपतीम् हवामहे... व विषु सीदा गणपते...) वैदिक गणपतीचा स्पष्टपणे निर्देश करतात. जरी हा वैदिक गणपती व सध्या पूजिला जाणारा पौराणिक गणपती एक नसला तरी वेदोत्तर काळात ऋग्वेदातील गणपती-ब्रह्मणस्पती-वाचस्पती पासूनच पौराणिक गजवदन-गणेश-विघ्नेश्वर हे रूप निर्माण झाल्याचे संशोधक मान्य करतात.
ऋग्वैदिक गणपतीची दुसरी नावे होती -बृहस्पती, वाचस्पती. ही देवता ज्योतिर्मय मानली जाई. तिचा वर्ण लालसर सोनेरी होता. अंकुश, कुर्हाड ही या देवतेची अस्रे होती. या देवतेच्या आशीर्वादाशिवाय कोणतेही इष्टकाम संभव होणार नाही असे मानले जाई. ही देवता कायम 'गण' नामक एका नृत्यकारी दलासोबत विराजमान असे व देवतांची रक्षकही मानली जाई.
दुसर्या मतानुसार भारतातील अनार्यांच्या हस्तिदेवता व लम्बोदर यक्षाच्या एकत्रिकरणातून गणेश संकल्पना निर्मिली गेली. गणेश या मूळच्या अनार्य देवतेचे आर्यीकरण झाले असावे हा दुसरा कयास लावण्यात येतो. गणेशाचे वाहन उंदिर याच आदिम संस्कृतीचे प्रतीक म्हणून राहिले असावे. इसवीसनपूर्व आठव्या शतकापासून सहाव्या शतकाच्या मध्यापर्यंत लिहिल्या गेलेल्या बौधायन धर्मसूत्रात गणेशाचा उल्लेख नाही. इसवीसनाच्या चौथ्या शतकातील कालिदास, इसवीसनाच्या सहाव्या शतकातील भारवी, इसवीसनाच्या पाचव्या शतकातील पंचतंत्र वा भरताच्या नाट्यशास्त्रातही गणेश देवता दिसत नाही. गुप्त काळापासूनच या देवतेची स्वतंत्र पूजा प्रचलित झाली असे अभ्यासक मानतात.
विनायक रूप-
मानवगृह्यसूत्र व याज्ञवल्क्य स्मृतीमध्ये शाल, कटंकट, उष्मित, कुष्माण्ड राजपुत्र व देवयजन इत्यादीचा विनायक म्हणून उल्लेख आहे. महाभारतातील विनायक हाच आहे. याचे काम विघ्न उत्पादन करणे असे. पुढे हाच विघ्नकर्ता गणपती विघ्नहर्ता मानला जाऊ लागला. [[याज्ञवल्क्य स्मृती|याज्ञवल्क्य स्मृतीनुसार]] विनायक हा अम्बिकेचा पुत्र होय. गणेशाचा पार्वतीपुत्र उल्लेख येथेच प्रथम होतो.कार्तिकेयाचे अनेक गण वा पार्षदही पशुपक्ष्यांचे मुखधारित असतात. इसवीसनाच्या सहाव्या शतकातील 'भूमारा'त याप्रकारच्या अनेक गणांचा उल्लेख सापडतो. गणेश म्हणजेच गण-ईशाचे ह्त्तीमुख असण्याचे हेही कारण असू शकते. काही ठिकाणी गणेश व यक्ष/नागदेवता यांची वर्णने मिसळल्याचे दिसते. गणपतीच्या ह्त्तीमुखाचे हेही कारण असावे. पुराणांमध्ये ह्त्तीमुखधारी यक्ष आहेत. यक्ष हे गणपती प्रमाणे लंबोदर असतात. याज्ञवल्क्य संहिता' या ग्रंथात विनायक व गणपतीच्या पूजेचे विवरण सापडते. इसवी सनाच्या सातव्या शतकात रचलेल्या ललित माधव ग्रंथात गणपतीचा उल्लेख आहे.